Türkiye şeker pancarı üretim alanlarından elde edilen Beet soil-borne virus izolatlarının kılıf protein genine göre moleküler karakterizasyonu

Şeker pancarı (Beta vulgaris L.), Türkiye'de şeker endüstrisinin hammaddesi olup, yaygın olarak yetiştirilmektedir. Pancar bitkisi, plazmodiophorid vektör Polymyxa betae tarafından taşınan bazı toprak kaynaklı virüsler enfekte edilmektedir. Taksonomik Virgaviridae familyası içinde yer alan ve Pomovirus cinsine ait Beet soil-borne virus (BSBV) Q (BVQ) pancarında enfeksiyon oluşturan kökenli virüs türleridir. Bu virüslerden BSBV, ilk 2003 yılında kayıt edilmiş daha sonra üretim alanlarında oldukça olduğu (% 49.8) belirlenmiştir. çalışmada, BSBV ile bulaşık 10 örneği coğrafik orjinlerine göre rastgele seçilmiş bu örneklerinden tuzak bitki testi yöntemiyle elde edilen izolatlar, moleküler yönden analiz edilmiştir. kılıf protein (CP) genine spesifik primerler uygulanan RT-PCR yöntemi DNA ürünlerinin baz dizi analizi sonrasında, tüm izolatlarının CP bölgelerinin 495 nükleotit 164 amino asit (aa) içerdiği tespit İlginç bir şekilde, farklı lokasyonlardan 9 izolatı birbirleriyle karşılaştırıldığında, izolatların aa düzeyinde % 100 benzer oldukları saptanmıştır. Bununla birlikte, Yozgat ilinden YZT-355S izolatının, diğer izolatlarla benzerlik oranının 98.17 92., 121. 122. pozisyonlarda aa’lerin Türkiye izotları önce tanımlanan dünya izolatlarından farklılık sergilediği Bunun yanı sıra, 24 izolatının (bu çalışmadan GenBank'tan 14) filogenetik analizi, I, II, III IV olmak üzere dört ana grupta toplandığını göstermiştir. Grup I'e izolatları iki alt gruba (alt grup a c) ayrılırken, içerisinde almışlardır.